本次SD高达在战场方面和PS的《吉伦的野望》相近，MS可以最大三部组成一个小队，而大型（L型）的MS或是MA就只能一队一部了。小队还可以合并，比如A小队有两部小型MS，而B小队只有一部小型MS，这时B小队就可以移动到A小队上合并成一个小队。
战斗中的小队指令菜单：
移动：分为单体移动和全体移动，顾名思义，单体移动就是只移动小队中某一部机体，而全体移动就是全小队一起移动，注意这时的移动力是按移动力最低的单位来算的。
队列：编成小队的队列，小队的一号队员只能攻击敌方小队的一号队员，二号和三号依此类推，但是当敌人小队的战斗单位小于我方小队战斗单位的时候，我方多出来的小队成员会向敌小队一号队员进攻（例如我方有三名队员，而敌方只有两名，这时我方的第三名队员就会攻击敌方的第一名队员）。利用队列的战术也很多，比如敌小队二号队员的实弹武器攻击力很高，而我方小队里恰好有SEED系的高达，这时候就可以将我方SEED系的高达调至二号，然后就可以利用SEED系高达的PS装甲来防御住敌人的实弹攻击了。
攻击：直接攻击只能攻击邻接的敌人，有六方向，选定攻击目标小队后进入设置画面，此时可以选择武器攻击，回避和ID。射击攻击有残弹限制，格斗武器无限制，有些武器是消耗机师的SP的；选择回避的话，选择回避的机体本次不参与攻击但是回避率得到提升。ID相当于机器人大战中的精神指令，就是原作中该机师比较著名的台词，使用后可以提升机师或是机体的能力，有SP限制。攻击时射击攻击会先制于格斗攻击,即攻方射击->守方射击->攻方格斗->守方格斗，不过有时机师也能发动先制攻击。
间接：此指令一般为母舰或是炮击型MS单位所有（比如钢加农等），选择此指令后可以选择长距离炮击型武器对敌小队实施远程打击，被攻击的敌小队无法反击，但是可以选择“散开”指令来躲过攻击，但是散开后可能因为落单而被各个击破，且当四周围都有小队在的时候无法散开（总不能站人家头上去吧……），有的机师拥有阻止散开的ID，这种机师一定要给他分配具有强力远程武器的机体啊。
ID：在战斗地图画面的菜单里的ID一般是使用对我方大范围有效的ID，例如主舰的舰长可以使用散布米粒子的ID来增强指挥范围内我方机体的回避能力。
变形：某些MS具有变形能力，可变成MA等。
捕获：机体和资金的重要来源，要想得到好的机体或是抢来敌人机体拿去卖钱的话，就要靠这一着了。当我方有将敌人包围时（三个小队与敌人邻接，位置不限定，包围的小队越多，成功率越高）出现，还会有成功率提示（BOSS机无法捕捉），是抓是杀全在于玩家了，有的机师拥有可以提升捕获率的ID，一定要善加应用。
交信：相当于机器人大战里的“说得”选项，当战场中可以发生对话的两名机师所在小队邻接的时候就会出现，此时可以对敌方角色进行说得等。熟悉原作的玩家应该记得在什么情节里会有哪些人会出现对话吧，那么就赶快试试吧。
母舰专有的"发进"和"归舰":机体从母舰里出发的时候可以是整个小队一起出发.而当机体受伤或是弹尽的时候可以回到母舰里补给和修理。
被敌方间接攻击的时候,我方会有"散开"和"维持"两个选项,选择"散开"的话,会有较高的机率躲过敌人的攻击,但是队员们却会被分散开,有被各个击破的危险,所以有时候要选择"维持"来保持队型,但是这时就要靠机师的能力来躲避攻击了.要注意的是母舰是不能散开的，所以面对敌人的远程攻击时，只能硬接下来了。
在战斗地图上，在小队图标上按下B键，可以进入小队状态画面，然后可以选择机体，再按左或是右键查看机体或机师资料。按下选择键则可以查看缩略地图。
战斗中的系统菜单：
在地图空处按下A键就会出现系统菜单：
1.TURN END：结束我方的行动，轮到敌人行动。总行动顺为：我军->敌军->友军->第三军。
2.中断：战场记录。
3.状况：可以查看现在敌我双方的状态。
4.部队一览：查看我方部队状况。
5.设定：系统设定，第一项是是否确认攻击方式，即选择好攻击所使用的武器后电脑会提示你是否确定开始攻击。第二项是是否自动跳过对话，当你长时间不按键进行对话的时候，会自动跳到下一个对白。第三项是信息速度，可按自己喜好来调节游戏信息的速度。
过关后的奖励：
这次的金钱都用补给点来表示，过关后可以得到补给点，发生剧情对话也能得到补给点的奖励。在编成时也可以通过卖掉敌人的机体来获得补给点，有些关卡过关后还能得到改造用的部件。
编成画面菜单：
作战
1.作战：确认下一关的作战目的，玩家可以通过作战会议了解一下下一关的情况。
2.索敌：相当于奖励关，可以无限进入，里面是随机配置的敌人，当感觉自己的补给点不够或是需要什么机体的时候就索敌看看吧，说不定会有意外的收获。
3.进击：进入下一关。
4.记录：不用说了吧……本次的记录档只有一个。
5.读取：这个我看也不用说了……
编成
1.配属：将机师和MS或MA配置于母舰上。要注意的是有的机师是只能要乘坐专用机的。
2.补给：分为补给和处分两个选项，补给选项是消耗补给点来购买机体和组合部件，而处分则是将已有的机体或是组合部件卖掉从而获得补给点。
3.部队一览：查看所有单位的资料。
开发
1.改造：本次的SD高达与PS上的一系列SD高达都不相同，由于机能的关系，将原有的设计、开发和生产等项目都取消，而改为“改造”，就是将得到的组合部件与机体相组合，从而组合出新的更强的机体，例如“高达”+“マグネットコーティング”就可以组合出MC高达，要特定的机体和特定的部件才能组合出新的MS或是MA，所以，为了能拥有更强大的机体，大家快去敌人身上搜刮零件吧。
另一个选项"强化",是消耗一定量的金钱来强化机体的能力和武器的攻击力,每部机体只能强化两次,但是当强化过的机体又一次被改造或是分解之后,强化效果也会消失,所以在强化高级机体的时候一定要三思,不要白白让补给点打了水漂.
2.分解：将组合过的机体分解为原来的机体和部件。某些高级的部件要从敌方的高级机体身上拆下来才有可能得到。
3.设计图：所有已经组合成功后的机体都会在这里显示出来并有组合方案。
通关后：
通关后可以接记录继续玩，不过此时只能在玩过的关卡里索敌，不过索敌几次后就会出现隐藏关。在おまけ里可以查看所有见过人物和机体的资料，还可以听游戏中的音乐。
机体开发表
按作品年代划分
改造前 加装配件 改造后
ガンダム マグネットコーティング MCガンダム
MCガンダム ムーバブルフレーム GP01ゼフィランサス
ジム カスタムパーツ ジム·コマンド
Ez8改 サラミス炮 Ez8HAC
Ez8改 ベクタードスラスター Ez8HMC
アプサラスⅡ クリアランスパーツ アプサラスⅢ
エルメス サイココントローラー キュベレイMKⅡ
ザクⅡFZ ハイクリアランスバーツ ギラ·ドーガ
ザクⅡFZ クリアランスパーツ ハイザック
ザクⅡFZJ カスタムパーツ グフ
ザクⅡ カスタムパーツ ザクⅡFZ
ザクⅡF 陆战キット ザクⅡJ
ザクⅡFZ ムーバブルフレーム ザクⅢ
グフ カスタムパーツ グフカスタム
ゲルググ スナイバーライフル ゲルググJG
ゲルググ カスタムパーツ ゲルググM
ゲルググ ハイクリアランスパーツ R·ジャジャ
ドム クリアランスパーツ ドム·グロースバイル
ドム カスタムパーツ ドム·トローペン
ドム 高机动スラスター ドム·バインニヒツ
ドム ムーバブルフレーム ドライセン
ズゴック カスタムパーツ ズゴックE
ハイザック ムーバブルフレーム バーザム
ビグロ Iフィールド ノイエ·ジール
ビグロ クリアランスパーツ ヴァル·ヴァロ
NT-1 アレックス アーマーユニット アレックスFA
GP01ゼフィランサス 高机动スラスター GP01フルバーニアン
GP01ゼフィランサス クリアランスパーツ ガンダムMKⅡ
GP03Sステイメン アームドベース GP03デンドロビウム
ジム·コマンド カスタムパーツ ジムカスタム
ジムカスタム クリアランスパーツ ジムⅡ
ジムカスタム ビームキャノン ジムキャノンⅡ
ジムⅡ ムーバブルフレーム ジムⅢ
ジムⅢ アップグレードバーツ ジェガン
ノイエ·ジール ハイグレードパーツ αアジール
Zガンダム インコム スベリオルガンダム
Zガンダム ハイクリアランスパーツ リ·ガズィ
Zガンダム ハイメガキャノン ZZガンダム
ガンダムMKⅡ ディフェンサーユニット スーパーガンダム
リック·ディアス 可变フレーム メタス
リック·ディアス アップグレードバーツ リックディアスS
リックディアスS ディフェンサーユニット スーパーディアス
メタス ムーバブルフレーム 百式
百式 メガバズーカランチャー 百式（MBL）
百式 アップグレードバーツ 百式改
百式 バイオセンサー Zガンダム
百式改 アーマーユニット フルアーマー百式改
サイコガンダム インコム ガンダムMKⅤ
ガンダムMKⅤ ハイグレードパーツ ドーベンウルフ
ZZガンダム アーマーユニット フルアーマーZZ
キュベレイMKⅡ ビームキャノン 量产型キュベレイ
ガザC ガンダリウムγ ガザD
ガザD アップグレードバーツ ガザE
ザクⅢ ハイグレードパーツ ザクⅢ改
ジェガン ハイクリアランスパーツ ヘビーガン
リ·ガズィ BWS リ·ガズィ（BWS）
リ·ガズィ フィンファンネル υガンダム
ギラ·ドーガ サイココントローラー ヤクト·ドーガ
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