为了快速生产与操控数量庞大的部队且发展科技与建筑基地设施，《最高指挥官2》设计多样化的快速键，让玩家能用手把轻松地圈选部队、点选之前的群组、快速寻找ACU、寻找发呆没事做的建筑与生产单位、设定部队移动路径与巡逻路线甚至跟随保护，可说是集结传统即时战略游戏该有的功能于一身，让玩家也能在家用主机享受运筹帷幄的成就感。用手把如何做到上述这些快捷功能，以下介绍相当实用的选取功能：
快捷键1：连点单一部队，可圈选画面上的同种单位。
快捷键2：按RB，可一次圈选画面上的所有部队，如果将地图视野扩大，一次能选的部队也会增加很多。
快捷键3：A键按住不放，会出现圆形的区域，利用摇杆移动圆形区域所涵盖的部队都会被选取。
快捷键4：首先开启任何一个单位的生产介面，按LB或RB可迅速在地图上的各式兵营与建筑单位切换。闲置单位会有符号表示。
快捷键5：如果之前已选定一些单位移动或攻击，操作视野扩大到卫星画面，会看见许多白色圈以及里头的数字，那些是之前选取过的群组，数字代表该群组的单位数量，点白圈就能选取该群组。
快捷键6：按下手把的左摇杆能迅速选取ACU。
快捷键7：建筑时按住X键不放且拖曳到空地，可透过这方式预约盖许多同样的建筑物。
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