对战模式分成单机对战（skirmish）与连线对战（Xbox live）两种，含AI最多共4名玩家。规则设定非常自由，可设定1对1、2对2、甚至1对多，每个电脑AI都可设定难度等级与阵营，还可设定禁止快攻。
《最高指挥官2》的对战类型（type）有三种，分别是assassination（刺杀）、supermacy（终结战）与infinite war（无限战）：assassination顾名思义是要将对方的ACU（战斗指挥单位）摧毁， supermacy是将敌人所有部队与建筑全部铲除为止，infinite war则可单独一个阵营或设定AI一起玩，就算AI被灭游戏仍不会结束，适合钻研各项研发路线与熟悉兵器的特性。
透过infinite war（无限战）以熟悉科技发展路线与兵器特性。我军（Cybran）的实验兵器大都有曲面圆滑的外表，和Cybran的国徽图样互相辉映。飞碟能像电影ID4一样向下发射巨大能量光束，右上方的爪型兵器张开后能吸入附近的敌方部队，适合定点防御。
和玩家线上合作对抗2名电脑对手。任务模式是刺杀，只要敌军的ACU（战斗指挥单位）被击毁就算胜利。合作模式较不伤感情，也挺适合龟在家研发高级科技或重炮。
透过卫星视点了解战情发展。左上与左下是我方同盟阵营，一起对付右方的电脑AI，可见到左下方有许多炮弹不断射向敌营。
原来友军使用大量的炮阵来对付敌军，所有资源都投注在巨炮也是一种战略，因为UEF能发展科技使所有建筑都具备防空能力，每座建物都兼具防空与对地攻击。
