武器在《爱丽丝：疯狂回归》这款游戏中的分量很重，特别是面对不同敌人的时候会用不同的用法。玩家会在游戏中获得几种不同类别的武器，每种武器在对付不同敌人的时候都会有优势和劣势。利用有些武器适用于近身的格斗，而有些适用于消灭空中的敌人。
游戏中四个武器可以升级变得更加强悍。而首要的条件是需要收集游戏中的牙齿，这些是升级武器所需要的计量单位。白牙齿相当于数量一，而金色的牙齿相当于数量五的白色牙齿。游戏中随时可以暂停游戏来升级武器，每升一级后的武器都会需要更多的牙齿来提升到下一级。
武器一：斩刀 [第一章获得]
升级：
级别1 -- 0 牙齿
级别2 -- 150 牙齿
级别3 -- 675 牙齿
级别4 -- 800 牙齿
斩刀是爱丽丝的基本近战武器，在敌人身上快速砍杀造成伤害。每提升一级的效果是出刀变得更快，并且多出一次连击，最好的是可以有漂亮的光影出现，所以建议第一个升级的武器非它莫属了。
武器二：胡椒研磨器 [第一章获得]
升级：
级别1 -- 0 牙齿
级别2 -- 475 牙齿
级别3 -- 575 牙齿
级别4 -- 700 牙齿
胡椒研磨器更像是一个摇把式的机枪，转动后可以射击出胡椒对付任何距离的敌人，这也是爱丽丝第一个远程攻击的武器。在射击一段时间后研磨器会因为过热而暂时性不能使用，需要短时间来冷却。升级后的效果则是可以更快的射击出胡椒，并且让冷却的时间更加短暂。
武器三：兔钟炸弹 [第一章获得]
兔钟炸弹同时兼备遥控和定时两种功能，扔下一个后可以按键爆炸或者等待 17秒的时间它会自己爆炸。炸弹的爆炸不会伤害爱丽丝，但是却可以将小型敌人炸翻，而且敌人同时会被兔子的外表所吸引而集中过来。兔钟炸弹的另一个非常重要的功能就是压在某些机关上当重力装置，在17秒内可以做很多事情哦。最后一点兔钟炸弹是不可以升级的。
武器四：雨伞 [第一章获得]
雨伞是爱丽丝唯一的防御物品，勉强可以算入武器的行列吧。使用方法比较简单，可以面对敌人撑开来防御攻击。还有一个妙用就是当炮弹类飞来的时候可以在一霎那撑开雨伞将炮弹反弹给攻击者。雨伞是不能升级的。
武器五：玩具马 [第二章获得]
升级：
级别1 -- 0 牙齿
级别2 -- 500 牙齿
级别3 -- 625 牙齿
级别4 -- 775 牙齿
玩具马是一个强烈粉碎锤，可以用来摧毁一些碎石壁或者石头。战斗中玩具马可以直接将有防御的敌人破防，然后配合斩刀的快速攻击绝对有效。升级可以提升玩具马的攻击力和攻击范围。
武器六：茶壶加农炮 [第三章获得]
升级：
级别1 -- 0 牙齿
级别2 -- 525 牙齿
级别3 -- 600 牙齿
级别4 -- 725 牙齿
茶壶加农炮是一个远距离炮弹轰炸式的武器，每一发都可以按住发射键来蓄力来增加威力，但是同样会增加茶壶的发热速度。茶壶可以用短暂的时间从发热中冷却再度使用，和胡椒研磨器的使用方法大致相同。升级可以增加炮弹的威力，同时可以在发热前发射更多的炮弹。
