《恶魔城：闇影主宰2》的关卡进行方式也如同前作一般，玩家要依照指示在地图上移动、与敌人交战或攀爬各种建筑物直到抵达目的地。而在加入了开放式世界的要素后，玩家所能够进行探索的区域变得更大，在随著剧情取得雾化与二段跳跃的能力后，玩家还可以试著回想有哪些区域是曾经抵达过却无法前进的，之后便能利用地图室的快速旅行前往，这同时也让游戏体验变得更加自由。可惜的是，除了玩家在辛苦探索后，所能取得的仅仅只有一些强化道具这点之外，虽然游戏中的风景因为画面的强化而更加优美，应景的配乐所带来的游戏气氛也令人讚赏，但几项糟糕的关卡设计让人感觉整体的表现反而不如一代。
首先是现代化城市令人失望，游戏内允许玩家自由穿梭于中世纪的德古拉城堡与现代的伦敦，然而现代化城市这个要素却没有得到很好的发挥，虽然说是开放式世界，但这个现代世界却安排了太多的小巷、断垣残壁与冷冰冰且毫无美感的地下研究设施，让玩家在探索的过程中受到不少限制与压力，更不用提那标示不清的地图指引常常导致玩家迷路。此外现代世界的敌人设计，像是各种因为被毒气感染而突变的异形生物以及穿戴动力装甲的人类士兵，也让整体游戏风格产生强烈的违和感。
而在整个关卡进行的流程当中，最糟糕的莫过于游戏内的潜行设计，这个看起来像是硬塞进关卡中的桥段缺乏自由度且毫无变化，严重地破坏了游戏的流畅度，让原本就颇为缓慢的游戏节奏变得更加地冗长，变成一种折磨玩家的酷刑。《恶魔城：闇影主宰2》的潜行设计会要求玩家使用几种特定的能力，以固定的方式去通过眼前那毫无意义的机关，在某几个关卡甚至还必须要跟目标玩捉迷藏的游戏，玩家除了被迫顺从系统的设定之外别无他法，因为就算你能打倒游戏中包括 BOSS 在内的大部分敌人，但却无法靠著击败守卫的方式来通过潜行关卡，这只会让玩家感觉毫无道理。
