中国的传说年代，人与魔之争时，人类使用一把神兵利器－轩辕剑，屡败魔族，创世神认为人类与魔族无法共存，於是再从浑沌中创造新天地，将魔族移居到别的世界，从此结束了传说时代的战争，开始人类世界的历史。这些传说，随着时间逐渐被人遗忘；而神兵利器出世的传闻，却从不间断。
游戏背景
在《轩辕剑3云和山的彼端》中，公元8世纪的欧洲正处于动荡的黑暗时代，暴乱、劫掠和战争是这个时代的象征，游戏的主人公赛特就生活在这个年代。赛特是有着东方血统的混血儿，出生就携带着一件具有神秘力量的中国瓷器--“炼妖壶”。为了平息欧洲的战乱，他决心前往遥远的东方寻求战争必胜的方法。然而魔界的首领撒旦却妄图利用赛特的力量统一世界，于是维护魔、天、人三界和平的重任落在赛特肩上，他将横跨欧亚大陆，纵横数千公里，最后在轩辕剑的帮助下完成他的神圣使命。
游戏评测
无庸置疑，《轩辕剑3云和山的彼端》不但把《轩辕剑》推顶峰也为国产游戏打了一剂强心针，使玩家看到了国产游戏的希望。国画的背景，古朴的风格，优美的古韵，多元素的娱乐性使玩家玩家心旷神怡。游戏引擎写得相当完善，卡通人物造型生动可爱，战斗画面中首次用到3D画面，观赏性极强。剧情相当宏大，波澜壮阔。然而，美中不足的是有少数人物性格不很鲜明，剧情的最后结尾过于急切，结局画面稍嫌单调。但这些并不能掩盖它的光芒，因为在当时它是国产RPG的最高峰。
主要角色
赛特(Septem)
人物诗词：
为求真理东方行，风沙千里路迢迢。
看尽人间征战事，祈愿尘世行王道。
人物简介：
赛特是在欧洲梅罗文加王朝高卢出生的东方人与日尔曼混血儿，生父母不明，一般人都猜的出赛特是战争掠夺下出生的。
赛特处事以大事为重，不在乎小节。擅长逻辑思考，隐藏自己的情绪，寡言。能够不在乎别人的眼光去做自己判断正确的事。信仰上，赛特是无神论者，对很多迷信者都很反感。但自从旅行开始，就发现世界上许多人有许多不同的观点。他可以反驳西方宗教，但他不敢反驳自己所不熟悉的其他宗教，除非有明显破绽。
妮可(Nicole)
人物诗词：
一朵青莲出血池，未解尘世儿女情。
上天入地不分离，深深依恋盼君懂。
人物简介：
撒旦派遣妮可来引导赛特，希望赛特能加入撒旦的阵营。她没有过去的记忆，因此个性单纯，对许多事都好奇。受卡玛的影响，在爱情与面包问题中，妮可为爱情优先，而赛特是先顾好面包再谈爱情。因为赛特是唯一可以跟她说话的男性，因此偶尔有争执。
妮可非常不喜欢赛特身边的女孩，怕她们影响撒旦的计划。又十分爱哭，赛特有时也拿她没办法。 平常不现身，只有说话与战斗才会出现。
卡玛(Kama)
人物诗词：
徘徊红尘千万载，难忘深邃的双眼。
思念亘古难消减，期盼他年再续缘。
人物简介：
卡玛来自印度，打扮也是印度式的。与一只来自埃及的有翼黑猫一同旅行，黑猫名叫安卡。数百年来，卡玛跟人类有数不尽的爱情故事，大部分都以悲剧收场，她不断的在人间徘徊，为的是寻找永恒的知己。
她与安卡看上赛特而跟随着旅行，他们预知到赛特身上有撒旦与天界之战的关键，等着看他的好戏。
李靖(Lee Jing)
人物诗词：
创业开国一元勋，羽化升天为神将。
不忍生灵将涂炭，再渡凡尘护大唐。
人物简介：
李靖是唐朝的开国功勋，死后羽化成仙人，为一执法神仙。因忧心唐朝太平已久，一旦发生像隋末那样的大乱，百姓将更痛苦，因而来到人间，维护安宁。
