《仙剑奇侠传3》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，那时侯，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……
《仙剑奇侠传3》中事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。 重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败……
光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时，重楼自魔界窥探人间，偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时，结识了唐门小姐雪见，从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒长卿及其未婚妻紫萱，走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，龙葵长久以来的心中愿望……伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。
战斗系统
仙剑奇侠传三是半回合、半即时制的角色扮演游戏。战斗时，角色可选择作的动作可分成五种：
击：即“攻击”，是最基本的攻击，依照个体攻击力、对方的防御力和武器的攻击力而定。击不耗任何东西。
术：即“仙术”，利用五灵仙术攻击敌人。仙术分成五灵：火、雷、风、土、水，按照这个顺序相克（与仙剑系列之前作品有所差异）。
技：即“技能”，是每个角色独特的招术。有时候需要透过特殊剧情获得技能。技能会耗气，气只能借由升等或受到攻击而补充。越高级的技，耗的气就越多。
防：即“防御”，让角色进入防御状态，不攻击，而提高防御力。也可利用防回归起跑点，而等待更好的时机下手。
物：即“物品”，战斗中可以使用物品。物品分三种：恢复性的、攻击性的、状态性的。恢复的可以恢复各种情形，攻击性的可以用来攻击，状态性的可以进入某种状态或解除状态。
援：即“援护”，唯有男主角景天可使用的招数。当景天站在五灵法阵的正中央，而有女主角所剩的精不多时，可发动援。当景天成功援助一位女主角时，好感度会增加。
阵：即“阵列”，在战斗可以改变角色站的五灵法阵位置，可是相对的要付出该角色一回合的时间。
逃：即“脱逃”，俗话说“三十六计，走为上策”，正是此意。当战斗不顺时，就可以逃；但非每次都能成功。
