第一节：城市废墟
step1.2B重新被制造并且出现在YoRHa基地当中。在走廊处她重遇了也被重新制造的9S，可是他已经遗忘了之前与2B奋战的经历，而且在战斗中萌生出来的情感也无影无踪了，这对于有记忆残存的2B来说是一种折磨。
随后2B的系统会进入重启，其中会播放一条关于《尼尔》世界观的小短片。
剧情：公元5012年，外星人大（能够与机械结合，类似于变形金刚）举进攻这个世界，而且逐步威胁这人类的安全。在公元5204年，人类开始反击，他们研发出智能人造人军团并且建立了由人造人组建的军团——YoRHa。
他们的宗旨是攘除机械外星人，为人类而战感到光荣。
step2.在重启程序当中，此时进入到设置菜单。
先调整游戏的亮度，继而调整音量，接着是开启自毁模式，这时候2B就可以完全苏醒过来。
在与9S的对话当中，她确定9S已经丧失了之前的记忆。
step3.前往指挥室与指挥官见面，之前2B和9S为了击败敌人而摧毁了自己的黑匣子（自毁），指挥官不希望两人再有类似的冒险行为。
既然2B和9S已经维修完毕，指挥官需要他们再次回到地表，协助人类抵抗军进行侦察任务。
step4.前往机库船上机甲就可以出发。
在出击途中，9S非常疑惑上头为何要派战斗型的2B去执行侦察任务。2B认为她内置的扫描系统足以应付多种情况。
step5.这时候要进行打飞机游戏。
当进入到市区，会遭遇到发射一排电球的无人机，绕着它作顺时针飞行就可以躲过电球并且靠近无人机发动攻击。
接下来要面对两个五轮飞行器，先解决左侧释放电球的飞行器，跟随着它旋转而旋转，就可以破开电球攻击。
而右侧的飞行器则使用近战旋转攻击，以枪械射击远距离就可以摧毁它。
step6.2B和9S降落在一座楼宇上。
在楼顶小屋左侧可以找到一个上锁的宝箱（1/9）。
跳到小屋顶部，两人俯瞰这座废墟城市，这时候地图上会标记出任务地点。
这时候不建议直接从楼上跳落地面，会受到大量的伤害。
而从楼宇内部的楼梯落到有机械兵的上一层楼，在淤泥杂物的后方可以找到一个宝箱（2/9）。
step7.落到地面以后往沙漠方向跑去，在桥底（此桥是通往序幕中的工厂）下击退三名机械兵就可以解救一台自动贩卖机（游戏中叫作“接入点”）。
通过接入点2B可以进行存档以及查看邮箱的操作。
此时玩家可以在废墟城市四周游览顺别解救这些接入点，方便之后进行存档。
step8.在反抗军营地入口对出的小河上可以进行钓鱼，按回车键让Pod进行钓鱼，待一段时间过后可以再按一次回车键查看Pod的收获（一般时间越长才会有收获），停止钓鱼的话按ESC键即可。
