所谓“工欲善其事，必先利其器”，想要在游戏中所向披靡，除了技术过硬，武器的提升也十分重要。在《永恒都市3》中，不仅可以升级武器来增加角色战斗力，同时高级服装及其他装备也可以增强防御力，双管齐下共同成长，才是驰骋战场的最佳途径。
1、改造工具的获得
游戏过程中，变异体死亡时游戏会随机掉落武器或防具，并任意附带阶段、改造状态、品阶等属性，玩家可到改造研究控制台对获得的武器进行品阶提升或改造，从而提升整体性能。玩家可通过设置>游戏>拾取阶段筛选和拾取等级筛选，来调整自己所拾取工具等级，避免低等级工具占用大量背包位置。
2、武器的品阶升级
在改造界面使用品阶提升道具可以概率性的提高装备品阶，提升品阶可以提升武器的基础属性，在品阶提升中需要注意的是，升级工具的阶段与其用途的品阶，均要大于或等于武器阶段或升级级别，如升级工具的阶段或其用途品阶低于武器则会提示改造部件的等级比物品低或改造物品的品阶与物品不符，无法进行升级操作。
3、武器的改造
除了可以提升武器等级，玩家还可使用改造工具对武器进行改造，同样一件武器可以根据玩家的取向不同改造成适合自己的特有属性。如果需要更大的携弹量就改造为增加额外弹药包，喜欢室内作战就改造为增加弹体质量等，可以给武器附带特殊的属性。
4、武器改造失败
需要提醒玩家的是，无论武器改造成功与否，使用的材料道具都会消失。并且改造可能会遇到以下几种情况：成功、不变、降级以及物品破损。当玩家进行品阶升级或武器改造时，系统会提醒玩家该操作可能导致物品的破损甚至是物品的完全流失。当升级工具和改造工具品阶为1时，成功率均为100%，工具品阶越高改造成功率越低，当品阶达到最高时，武器升级改造成功率分别只有20.9%和23.6%，破损率高达15%和13.5%，改造有风险，请玩家谨慎操作。
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