出海28天后，Kenway正在船舱研究铜币的秘密的时候，船长告诉Kenway最近船上有奇怪的流言，让Kenway自己去搞清楚到底怎么回事。Kenway来到仓库前，找到船员。船员表示需要小道消息的话找医生或者厨师比较合适。与医生或者厨师任意一人对话，再去船舱找James，James带着主角来到甲板上，James告诉主角Mills在散播此次航行凶险的消息并且劝船员们离开，最后James表示自己也不知道消息准不准确只希望安全到达彼岸。来到船舵边，与舵手对话，听到有异常的声音。
回到船舱开启鹰眼，发掘仓库里的酒桶上有异常信息，调查后Kenway明白过来有人在向外界传递消息，很可能目标就是自己。调查完毕后，回到自己的房间休息。第二天，Kenway来到甲板，告诉船长留意点James与Mills俩人，正在争执的时候船只遭到了攻击，船长让Kenway回到船舱，刚下船舱，Kenway就遇到了Mills，原来Mills早猜到了一切，并且决定出卖Kenway得到荣耀。Kenway建议决斗，Mills接受挑战并且顺利被干掉（悲剧）。来到甲板，告诉船长敌船的目标，并且使用手段使得船长屈服，决定冒着风暴的威胁继续前进。
在风暴中，船体受到损害，需要紧急修复。主角将协助船长将被闪电烧坏的绳子全部弄断，之后通过桅杆爬到船的船帆上把被风吹卷成一团的风帆解开。解开风帆后，在另外一侧的船帆受到了闪电的攻击，正在维修的James被悬挂在空中。主角救下James，回到甲板，回头看见背后追着的敌船逐渐沉没到海中。出海72天后，船长告诉Kenway到新大陆了。爬上桅杆的最高处，视线穿透浓雾，看见了游戏的主舞台---美国。
