前言
若然人们有站起来面对的勇气，这会是一个平常的九月。纵然这是个导向灭亡的选择，仍没有人够胆反抗UMBRELLA。相信这就是报应吧，但一切已经太迟了。当命运之轮开始转动时，任何人亦不能再将它停下来……最后的九月正在过，明白这一点的就只有我……
全市街头的人都丧尸化了，丧尸化的正与警察们大战。几部军用直升机来到，机内走出军人，不知他们甚么身份，但看来他们是来帮手击败丧尸。混战过后，人类们都死光了，而丧尸群的数目虽减少，但仍然有很多丧尸在街上徘徊……
Jill又回到RACCOON市里，但只见一遍死寂。正逃亡的她被一大群丧尸包围着，幸而她及时逃掉，一直跑…一直跑……
内容
Jill在一个货仓内发现一名大叔，但他不敢跟Jill一同离去。最Jill独个儿去找逃生方法，当他找到逃生方法再回货仓的时候，那大叔而不知所踪。
在找逃生路线的Jill竟被她遇到S.T.A.R.S.的Bard。最后两人分开，但又再遇上，但这次的Bard竟是满身鲜血地向Jill救求，原来他正被一只巨型物怪追杀，牠名字叫NEMESIS！最后牠用手穿过Bard的身穿，继而下一个目标是Jill。
Jill在逃亡中不继被NEMESIS，而且每一次踫到牠的时候，牠口中总是说着「S.T.A.R.S」。
又遇到三名军人，分别是Carlos、Nicholai、Mikhail，原来他们是UMBRELLA派来的，但目的竟是要救RACCOON市内的市民，并杀掉所以丧尸。Jill虽然摸不清，但亦暂时与他们合作一同离开。
Mikhail因为了要Jill与Carlos离开而跟NEMESIS大战，并被牠所杀。
Jill与NEMESIS于「时钟塔」大战，最后Jill感染病毒而昏倒。Carlos安置好Jill，自己去找可以救Jill的解药。Carlos找到解药，并救了Jill。两人继续找逃生出路。
发现原来Nicholai是这队军人中的卧底，其它军人只是庸兵，但他就是UMBRELLA的手下。
工场发出一段广播「警告，已确认有飞弹袭击，所有职员请立即撤退」。Jill找到一部直升机，但却被Nicholai所开走了，不过Jill亦把他击落，Nicholai当场死去。绝望的Jill突然在处理工场中收到一段讯息，有一把声音不停呼叫她的名字，似乎有人来救他们。
结局
Jill要先到直升机台，看看真的是否有人来救她，但途中遇对NEMESIS的终极体，大战过后，她到直升机台，这时Carlos亦赶到。
一个神秘人真的驾着直升机来了把他二人搜救，这神秘人是谁呢﹝Barry﹞？最后，一支飞弹在RACCOON市的上空降落，把整个RACCOON市炸毁。
﹝生化危机还真喜欢爆炸﹞
