故事界面
剧情章节与战斗章节，可以从篇章看板选择篇章，在选择接下来想玩的章节。
章节有从剧情影片开始的剧情章节，和以战斗开始的战斗章节。
另外，当篇章分歧成两条路线时，需将两条路线都过关才算完成该章。
已通关的章节及战斗也能再度游玩。
战斗章节的图示代表，褐色感叹号→头目战（BOSS战）、绿色手里剑→自由对战、蓝色群众→群体战、紫色手里剑→戏剧性战斗。
戏剧性战斗，是自由对战与I·A互相组合的特殊战斗。
选择人物界面
选择作战者以及同伴（如果是单打模式则无需选择同伴），一般可以选择两人。而同伴的数量决定于各人在漫画之中的实力，譬如戴面具的阿飞只能跟斑搭配，此时玩家加上同伴也只能是两人。
选择同伴最好选择的就是在漫画之中有牵绊的角色，譬如猪鹿蝶，他们会经常进行自动援护、自动辅助攻击，而且还具备三人合体终极忍术，施展出来的威力更加强悍。
另外就是选择作战模式，作战模式有三种：终极忍术模式、觉醒模式、传动模式。
终极忍术模式能够使用终极忍术;觉醒模式可以在血量跌至第二杠血时爆发;传动模式主要是同伴援护、辅助攻击、合体招式。
在普通战斗准备界面之中还可以进行物品栏的设置。
收集品界面
在此玩家可以查看目前已经获得的珍稀收集品。
收集品包括“终极忍术”、“音乐”、“忍者信息卡片”、“冠军头衔”、“忍者信息边框（背景）”、“替身术道具”、“附属品”、“终极忍术动画（回忆录）”。终极忍术是回放各名施展终极忍术的视频，只要使用每个角色发动终极奥义即可获得;
音乐BGM，在进行各个游戏模式，达到一定进程时就可以获得这些值得收藏的BGM;
这里的忍者信息卡，玩家可以自行编辑（头衔、图案、底色），相当于就是玩家在线上模式的头像。这些忍者信息卡的图案只能在线上模式中使用（展示）;
冠军头衔，浏览玩家目前获得的“头衔”，头衔也是通过完成各个游戏模式、达成一定的珍稀品收集量就能获取;
忍者信息边框（背景），在这里查看玩家已经获得的忍者信息边框（背景），达到一定进程时就可以获得它们;
替身术道具，每位角色有他特殊的替身术所使用的道具，如一乐拉面的灯笼、波风水门的光球等;
附属品是《火影忍者》动画、漫画当中出现过极具纪念价值的收集品，如九尾的封印符，只要完成一定的游戏操作就能够获得;
终极忍术动画，每当敌人剩余少量HP时，玩家使用终极忍术一次性解决敌人，此时画面就会弹出目前使用的角色的回忆动画;
