先说三个前提：
首先，本讨论内容涉及剧透，没有通关的朋友请勿阅读。
其次，本内容纯粹属个人对于剧情理解后的延伸和猜测，属于个人推理，纯粹的自娱自乐，本人使用的是一代里的女性角色存档，所以全程游戏内容都是以女性舰长出发的情节内容。
最后，不喜欢我的论断的人请勿辱骂或侮辱我的观点。
整个游戏的一代和二代我已经完全通关，对话内容完全仔细阅读过并且自认为完全理解了。在整个游戏全程中我一直认为CERBERUS的领袖I-MAN和MIRANDA将是三代中最可怕最凶险的敌人，现将疑点和分析逐个列出：
疑点一：PROJECT LAZARUS。
真的像I-MAN和MIRANDA所说的那样，这个LAZARUS计划真的是不计代价，不计成本，只是为了追求人类的最大利益，把SHEPARD从死亡状态抢救回来的计划吗？
部分剧情：
首先，ME2一开始的时候是MIRANDA和I-MAN的对话，她说SHEPARD所做的是对的，是伟大的，人类将会追随SHEPARD，但是如果SHEPARD陨落了，人类又会追随谁呢？
然后I-MAN就说，既然如此，那就不要让SHEPARD陨落，盯着她。
然后就是COLLECTOR的飞船出现了，将NORMANDY彻底摧毁掉了，那些释放出去的紧急逃生舱居然没有被COLLECTOR给收走，这又是为什么？
分析：巧合吗？偏偏在GETH进攻CITADEL失败之后的一个月，偏偏在MIRANDA和I-MAN的对话之后，COLLECTOR的飞船就出现并且直接把NORMANDY肢解掉了？
接着往下看剧情：
然后，是SHEPARD被抛出太空舱，在宇宙里孤独地窒息而死。
紧接着，PROJECT LAZARUS启动了，SHEPARD被不计代价的从肉渣修复到完好如初，整整两年时间，40亿的CREDITS被耗尽，而居然I-MAN没有从意念或肉体上哪怕是一点点控制了SHEPARD，换做是你你敢信吗？
接着就是SHEPARD醒了过来，整个太空站里的内讧，可怜的医师WILSON连话都没来得及说就吃了MIRANDA的枪子，而实际上WILSON的官衔等级根本不够去黑掉太空站里的SECURITY SYSTEM（安全系统）（其实也没有这么做的意义，WILSON这样做就可以在I-MAN那里升官发财吗？况且WILSON根本就没想到SHEPARD已经被激活了，见到SHEPARD的时候很惊讶）。而MIRANDA以逸待劳地在飞船处等待着SHEPARD她们来报道？不容WILSON说一句话就一枪把他毙了？如果这是ME的剧情，那只能说ME的编剧太弱智了。
分析：太多的疑点了，我认为事实真相可能是这样的，太空站里是MIRANDA启动了黑客系统，将太空站里的安全警卫变成了敌人，将所有剩余的人员都干掉了（包括那个对她还有点想入非非的WILSON，而WILSON一死，到底对SHEPARD的身体做了什么实验恐怕只有MIRANDA和I-MAN知道了）。这么做的目的是一石二鸟，一方面测试了SHEPARD的作战能力和恢复情况。另一方面杀人灭口，这样太空站里逃出来的只有三个人，知道真相的人只有MIRANDA，JACOB是个四肢发达的生化士兵，而SHEPARD对于自己为什么被救都还是混沌无知的状态。
结果无论如何，SHEPARD出于道义或感恩，或者出于需要战胜REAPER的需要，愿意还是不愿意都需要和CERBERUS并肩作战了。这样，I-MAN的第一个目的就实现了。
疑点二：IFF芯片和队员们被劫持。
剧情：
当SHEPARD从COLLECTOR的飞船上获得了IFF芯片后，为了能够研究COLLECTOR的科技和OMEGA 4 RELAY，只能将IFF芯片连接到EDI的系统上。
结果，MIRANDA建议所有队员都上登陆舱进行下一个任务，而不是像以往那样由SHEPARD挑选两个队员的方式，结果所有人离开了飞船后，EDI中了IFF的毒，释放了NORMANDY的方位信号，结果让COLLECTOR的飞船找到了NORMANDY，结果又需要JOKER手动操作从而让EDI来操控整个飞船。
其实，等这个任务你完成了以后，跟JOKER对话的话，JOKER会怒骂SHEPARD，责骂她为什么偏偏在这个紧要关头把所有队员都带走，还耽搁了那么长时间才回来。
