4、有翼人和人类的历史
有翼人在伊苏系列中是非常重要的存在，伊苏系列最初两作中的双女神即是有翼人。而SFC版《伊苏4》的有翼人在历史上曾试图奴役人类，被揭竿而起的雷芬斯击败，与人类处于对立关系;而PCE版有翼人则是利用太阳假面的力量引导人类文明，在雷芬斯击败杀戮王亚雷姆(即暗之一族祖先)之后与人类长期和平共处。
《树海》在有翼人与人类关系的设定上明显倾向PCE版，即“引导人类文明，并与人类和平共处”。这两个基本点都被《树海》单纯直接地嫁接到埃尔迪尔身上——SFC与PCE版中只是有翼人末裔且干了不少坏事的埃尔迪尔，被《树海》改编为直接司掌人类科技与知识传达的近乎神职的角色。
数百年前还与雷芬斯是挚友关系，作为有翼人的形象代理几近被神格化，与亚特鲁和主角阵营也始终处于同一阵营，至于由埃尔迪尔自身引发的矛盾与灾难，《树海》采用了“双重人格阴暗面”的讨巧解释，以至于埃尔迪尔直到结局都保持形象伟光正，坏事都是黑化状态的艾尔迪尔干的，SFC与PCE版中与亚特鲁对立的邪恶野心家形象几乎被彻底洗白。
5、单人变多人
伊苏系列发展多年，一直到了《伊苏7》才引入了多人合作模式，而《树海》在各方面都是沿袭《伊苏7》的模式，所以在这方面也是沿用了多人合作打怪的模式，而原版《伊苏4》不但只有亚特鲁一个人战斗，并且战斗方式也是系列初代那种半角漂移侧身撞击的战斗方式。
而且在《树海》中出现的可操作角色杜雷和卡娜在《伊苏4》里面都只是NPC而已，对话也远没有现在这么丰富多彩，与之相对应的，像卡娜和杜雷出身的村庄则有更为详尽的描写和设计来丰富人物的背景。
6、罗门帝国
在《伊苏4》里面，罗门帝国比较脸谱化，属于是无恶不作的那种典型反派存在，SFC版中的罗门帝国虽然与PCE版同样处于主人公的敌对立场，同样与暗之一族勾结且被利用，但整个SFC版罗门驻军没一个角色是有名有姓的，而PCE版罗门驻军则是派出一个贪婪跋扈的雷欧将军作为代表，最后命丧于贪婪并且死相凄惨。
《树海》沿用了PCE版的雷欧将军，嚣张跋扈的表象也被沿用，话虽如此骨子里却蜕变成调剂气氛的喜剧角色，例如每次主角亚特鲁一行人到某个村子发现问题然后外出完成某个任务后回到村子，就会看到雷欧将军气喘吁吁的带着一胖一瘦两个搞笑角色姗姗来迟出现在村子门口叫嚣，并且雷欧将军后期还被洗白，并且在关键时刻有着极其英勇的举动，这种处理比起雷欧以前那种脸谱化形象更能打动玩家。
此外整个罗门帝国在《树海》中都并非是反派存在了，甚至罗门帝国驻扎赛尔塞塔的女总督格丽泽尔达也是正面形象，罗门帝国唯一的反派可能就是古尔达了，但是古尔达并非罗门帝国原籍居民，而是赛尔塞塔的暗之一族出身。所以某种程度上而言，罗门帝国在这场纷争中其实是个纯粹打酱油的角色，归根究底还是赛尔塞塔内部的事务。
7、被取消的古代都市
在《伊苏4》中，古代都市是游戏最后的迷宫，并且无论是SFC版还是PCE版，当年都有比较华丽的CG呈现古代都市浮上的壮观场景，并且古代都市里面有青铜街道、白银要塞、占丽亚之塔、路纳斯之塔这么四个场景，但是在《树海》中古代都市完全被取消了，而古代都市四个场景则被替换成了太阳神殿中的三个原创迷宫，之所以这么修改可能还是因为古代都市架构太大，四个场景也比较复杂，如果用3D建模还原的话研发难度和工程量比较大，现在替换的三个迷宫虽然不如原来四个场景那么有诚意，但是因为三个迷宫都有各自的特点和乐趣，也算是不错的一个替换了。
8、被删除的艾斯塔里亚部分
《伊苏4》双版本中都涉及到了《伊苏1+2》的发生地艾斯塔里亚大陆这个地方，并且两个版本中都出现了《伊苏1+2》中的多奇和莉莉娅这些老面孔，但是《树海》则删除了这些部分，多奇仅仅只是在亚特
