而郡上八幡町史也记录了北美浓远藤家的动乱，与远藤庆隆一族并列为「两远藤」的旁支木越城主远藤胤俊趁著斋藤家混乱之际，出兵夺取了远藤庆隆的居成郡上八幡城，远藤庆隆避往苅安城抗战。直到隔年长井道利在斋藤龙兴回归稻叶山城后才得以出兵协助远藤庆隆，逼迫远藤胤俊交回八幡城，让两远藤的关系恢复和平。
按照信长公记记录，1565年（永禄8年）7月，织田信长发兵东美浓，袭击和小牧山城仅有一河之隔的宇留摩城（又称鹈沼城）和猿喰城，在两城约十至十五町外的伊木山上建城，压迫两城。而在织田家臣羽柴秀吉的游说下，有著「鹈沼之虎」勇名的宇留摩城主大泽次郎左卫门投降织田家，猿喰城因建在木曾川沿岸的高山上，地势易守难攻，织田家臣丹羽长秀衔命攻城，反过来利用城池地利切断城内用水，使城主多治见修理力尽开城。位於猿喰城北边三里的加治田城主佐藤忠能父子旋即在当年八月接受攻略丹羽长秀的劝说，以梅村良泽出使织田家表示臣从之意。
另外，松仓城的坪内利定虽然一般认为是在永禄9年才正式倒向织田家，但是在永禄8年11月时已经有织田信长赐与他的感状及加封文书却叛出了斋藤家，投向织田信长。另外还有米田城主肥田忠政也投降织田家。
8月，在织田军连续拿下三座城池后，斋藤龙兴也力图反攻，派遣岸信周驻扎於堂洞城和败出猿喰城的多治见修理会合，并指示长井道利挥军攻打加治田城，并处死佐藤忠能送给斋藤家当人质的女儿。织田信长得知情报后，抢先率领援军迎击斋藤家的军队，在28日强先攻击堂洞城，用松明投向城中，火烧二丸。并在黄昏之际，河尻秀隆顺利突入本丸，丹羽长秀的部队随之发动突袭，在入夜后把城池攻下，岸信周夫妻战败自尽。
29日，听闻堂洞城失陷的斋藤龙兴领军出动，和长井道利在关城合流，人数达到3000，全力突袭正在进行首级检视的织田信长。同时，织田信长由於让手下各自带领兵马分散固守新占的美浓城池，人数仅余7、800，因此面对人数占优的斋藤军，织田信长选择全力突围，认败后撤。
但在后续，按照富加町史跟永禄美浓军记的纪录，长井道利持续进攻加治田城的佐藤家，织田信长便以妻弟，也是斋藤龙兴叔父的斋藤利治率领五百士兵往援，在佐藤家猛将汤浅新六突入长井军后，斋藤长龙领军击破人数占有优势的长井道利，甚至反过来逼迫长井道利逃回的关城。织田信长也在9月时派遣援军协助斋藤长龙攻破了关城，长井道利逃回稻叶山城。
但在防卫加治田城时，佐藤忠能之子忠康战死，因此织田信长便斋藤利治成为佐藤忠能的养子入继佐藤家，并让森可成入驻东美浓的金山城，东美浓的有力豪族久久利頼兴投降织田家，归属森可成配下。织田信长大略完成对美浓中部、东部的制压。
1566年（永禄9年）4月，足利义昭出面调停织田信长与斋藤龙兴和睦，但织田信长很快便打破和议，於8月出兵美浓国各务野，两造在木曾川附近形成一进一退的僵持局面，最后因大雨导致河水暴涨，织田军惨被没顶，斋藤军趁机攻打获得胜利。斋藤龙兴还在写给快川绍喜的文书里写说「信长は天下の笑い物になっている」来夸耀自己的战功。在有著重臣安藤定治・日根野弘就・竹腰尚光・氏家直元署名的连判状里也有提及此事。
1567年（永禄10年）8月，织田信长在成功策反西美浓三人众（稻叶良通、氏家直元及安藤守就）后，一鼓作气发兵稻叶山城，在城池南方的瑞龙寺山布阵，调派手下兵马入城下町放火，烧去部分斋藤家的防卫措施，最后联合西美浓三人众把稻叶山城重重围困，斋藤龙兴不敌开城，被信长放逐到伊势长岛。
织田信长在攻下稻叶山城后，其他美浓大小豪族与家臣如不破光治、远藤庆隆、西尾光教、妻木广忠、小里光忠等美浓豪族相继投效织田家，使信长完全占领美浓国，并由泽彦和尚重新取名，以古代中国周文王发於岐山的典故，把城名改为「岐阜」，作为织田家新的本据沿用到1576年（天正4年）安土城竣工时。
斋藤龙兴被织田信长放逐后，辗转流亡於伊势长岛、近畿三好家、越前朝仓家，积极出力於打倒织田家，曾参与本圀寺之变、野田城・福岛城之战，最后在刀根坂之战阵亡，终其一生未能恢复斋藤家的领地。
