游戏正式开始，第一段CG是有关诸葛羽着手调查摩尼教案件之前发生的事情。
剧情结束后，诸葛羽来到了山脚下，并收到了怀湘带来的消息。
上山过程中会遇到拦路的山贼，刚好可以拿来练练手。
继续向前在一个池塘旁遇到结实的路障。
[破坏]一旁的宝箱可拿到【朽木剂】，对木栅栏[出示]后即可通过。
接下来会遇到第一个精英怪，他在原地转圈后会漏出破绽，打出力竭后对其疯狂输出即可。
战斗结束后与山贼大哥对话，进入思考玩法的教学部分。
注：思考时的问题选项答案为【不希望...】
思考结束后再次与山贼对话，并获得物品【平安符】。
继续往上走触发剧情。
与陈巡检对话后获得情报【摩尼明火】以及物品【养生丸】
与门口信众对话后进入院中。
与引路人老婆婆对话获得情报【引路人】。
在推敲环节中，对“还在咱摩尼教外跟人打架...”一句出示证据【引路人】。
再次与引路人对话了解有关水逆神迹的事情。
注：对话结束后可以把之前获得的【平安符】[出示]给引路人获得奖励。
前往诵经房调查书柜，选择【前方没有灰尘的书】，获得物品【黄玉钥匙】(没什么用)，继续阅读书籍获得情报【紫茎粉】。
接着再出示物品【养生丸】。
分析结束后，[点燃]旁边的火炉来验证先前的猜想。
离开诵经房前往中央祭坛，对一旁的圣火坛[出示]【一半的养生丸】以后触发剧情，教主房间的门也会打开。
进入教主房间中与其对峙。
接下来的对话中依次出示【摩尼明火】和【一半的养生丸】。
对话结束后进入战斗，战斗中需要注意Boss后空翻以后会接一个3段挥砍的突进，另外金身后撤步会一个闪现到诸葛羽身后的飞雷神挥砍。弱点有2个，分别在突进接飞雷神(时间长)以及普通飞雷神(时间短)以后出现，多加利用。
战斗结束后陈巡检率兵赶到，诸葛羽用计让教主与陈巡检反目成仇，自己则骚乱中成功脱身。
