得到了充足的休息后，Konoko决定去找自己的舅舅Kerr博士。他曾经和Konoko的父亲一起工作过，应该知道更多的内情。Konoko根据资料找到了Kerr博士的所在地——TCTF第112科学监狱……
Konoko成功地潜入监狱，在监狱值班室里偷听到两名警卫的谈话：“Griffin先生专门‘关照’的那个博士今天在哪？”“我想应该是在舱室附近游逛吧。”
通道里有激光光栅带动的自动电磁炮（存盘点1），Konoko看准靠近地面的弧形轨道的光栅移动到最高处时，迅速跑动，用滑铲动作穿过了光栅封锁线（其实即使碰到光栅，只要迅速转移位置，也不一定会被击中，但是相当危险）。穿过这条危险的通道（存盘点2）来到监狱内部A区，Konoko迅速干掉警卫，在二楼控制室里找到控制终端，打开通往B区的门。
B区的地形与A区相似，Konoko将警卫干掉后，缴获了一支SML3和一些弹药，在二楼的控制室里找到控制终端。来到C区，Konoko没有被警卫们难倒，却被一道激光光栅挡住了去路。这光栅实在太密了，刚好附近有一扇门，Konoko走进这个房间，真是踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫，Kerr博士就在这个房间里。Kerr博士说他需要实验室里的设备，但是Griffin的手下把他从实验室中隔离出来了，希望Konoko能把电子锁打开，并约定在实验室会合，说完就走出了房间。
Konoko在房间里找到控制终端（存盘点3）关闭了激光光栅，走出房间穿过那道门来到监狱D区。这里是发电机组所在地，在3个发电机房里各有一个控制终端，只要将发电机的输出反转就能将锁打开。Konoko没费什么事就干掉了在附近巡逻的TCTF警卫，随即操作控制终端打开研究室的门。等Konoko到达研究室的时候，Kerr已经先到了。
Kerr博士为Konoko做了检查，然后为Konoko解开了潜质的谜团：Konoko的父亲Hiroki Hasegawa博士深知有毒环境对人类的威胁，认为最好的解决办法莫过于改造人类本身去适应环境，因此与Kerr一同研究开发出了基于基因结构的Daodan超能物质。它能在母体中以极快的速度自我复制和进化，当母体受到打击或伤害时它会逐渐成长，并修补和替换身体组织中损坏严重的部分。
由于研究经费来自Syndicate财团，Syndicate得知了研究内容，当研究接近尾声时，Syndicate派人袭击了实验室，抓住了Hiroki和Kerr，以及当时还很小的Konoko和她的哥哥——Muro，抢走了仅有的两个样品，这两个样品分别基于Konoko和Muro的遗传基因。
Kerr设法带着Konoko和基于她的Daodan逃出了Syndicate的魔爪，前往TCTF寻求庇护，结果TCTF的指挥官Griffin为了在与Syndicate的斗争中不致落败，强迫Kerr为Konoko植入了Daodan，并安排Shinatama监视Daodan在Konoko体内的发展。Konoko这才知道，原来自己竟被Griffin当作实验品整整13年……
就在Konoko茫然不知所措时，一个TCTF特种兵冲进了实验室，Kerr挺身为Konoko挡住致命一枪而身亡（存盘点4）。Konoko悲痛万分，但TCTF的部队仍不断涌来，Konoko只能孤身逃离。由于TCTF控制了监狱入口，逃出的唯一途径就是通过生化处理池。
Konoko操作实验室里的控制终端打开走廊尽头的门，将里面的士兵干掉后，上二楼操作控制终端打开安全通道的门，穿过激光光栅和士兵的拦截，来到处理场内。这里没有什么警卫，Konoko到控制室里操作控制终端给起重机加电，希望能操作起重机把墙打破，然后从洞口逃出去。
3个电池很快就填充完成，起重机开始启动，这时TCTF的特种部队已经冲进了处理场，Konoko一个跑跳抓住起重机的钩子，但起重机只能转到充满有毒废液的排污池，Konoko跳进池中，忍受着腐蚀性废液的烧灼，让水流将自己带向出口……
